В 1866 г. была издана первая отечественная книга по аквариумистике Н.В. Сорокина «Пресноводный аквариум или комнатный садик для водных растений и животных». Через год в Санкт-Петербурге вышла книга П. А. Ольхина «Чудеса вод в комнате. Комнатный акварий и его обитатели».
В 1869 г. в Москве состоялся II съезд естествоиспытателей и врачей, на котором выступил Николай Миклухо-Маклай, призвавший создавать морские биостанции для развития исследований на морях. Знаменитый путешественник предложил оборудовать при биологической станции в Севастополе публичный аквариум. Он хотел, чтобы все могли узнать, кто обитает в Черном море и реках, впадающих в его бассейн. Участники съезда поддержали Миклухо-Маклая и приняли решение о создании Севастопольской биостанции.
Выполнение этого решения взяло на себя Общество естествоиспытателей при Новороссийском (т.е. Одесском) университете, в котором в это время работали такие выдающиеся биологи, как А. Ковалевский, И. Мечников, И. Сеченов, В. Заленский и Л. Ценковский, принявшие непосредственное участие в основании первой в Российской империи морской биологической станции. Идея создания станции в Севастополе получила поддержку со стороны высшего командования флотом в лице Великого Князя Константина Николаевича и Русского Географического Общества.
В 1871 году в Севастополе была открыта Зоологическая станция, ныне – Институт биологии южных морей им. А.О. Ковалевского. В библиотеке Станции имелись условия для работы и приезжающих учёных. Здание станции вместе с Аквариумом было построено по проекту главного архитектора Севастополя Александра Вейзена в стиле классического ренессанса и стало украшением морского фасада города. В одном из путеводителей по Севастополю начала ХХ в. сообщалось: «Аквариум устроен настолько эффективно и изящно, что по красоте и богатству спорит с наиболее известными в Европе аквариумами Берлина и Неаполя».
На момент своего открытия Севастопольский Аквариум был первым в Российской империи и пятым в мире. Посещать его тогда можно было лишь три раза в неделю. Зато вход был бесплатным и к нему прилагались лекции по биологии. Очень быстро Аквариум стал знаменит.
В 1872 г. на Всероссийской политехнической выставке в Москве были представлены различные виды аквариумных рыб. Во время проведения выставки, инженер М.И. Трескин построил в центре Москвы на Охотном ряду «Акварий», вмещавший семь залов с аквариумами и шесть – с террариумами, однако из-за ошибок в проекте представленная экспозиция погибла в первую же зиму.
27 июля 1878 года в Московском зоологическом саду открылась 2-я акклиматизационная выставка, на которой были выставлены многочисленные аквариумы с золотыми рыбками, телескопами, серебряными карасями и гурами. Всего на этой выставке было представлено около 30 видов рыб и ряд водных беспозвоночных.
В этом же году по инициативе профессора А. П. Богданова в Московском зоосаду была организована первая исследовательская лаборатория, в которой был создан Отдел аквариумов. Организацией и содержанием первых аквариумов в лаборатории занимался ассистент Зоологического музея Московского университета Н.В. Насонов (1855-1939), ставший позже известным российским зоологом и академиком Российской академии наук и возглавивший Зоологический институт.
На базе ветеринарной лаборатории в Москве, при содействии русского профессора Н.Ю. Зографа, возглавлявшего Отдел ихтиологии Императорского Русского Общества Акклиматизации Животных и Растений, организуется специальный отдел с 32 аквариумами.
В 1881 году на Белом море при содействии Соловецкого монастыря и деятельном участии профессора Н.П. Вагнера, была создана Соловецкая биологическая станция, самая северная из всех Зоологических станций. Станция принадлежала Санкт-Петербургскому обществу естествоиспытателей и располагала несколькими большими аквариумами. На основе Соловецкой впоследствии создана Мурманская биологическая станция.
В 1882 году в Москве открылся первый в России публичный павильон «Аквариум». В 1887-1898 гг. в России проведено 13 выставок аквариумных растений и рыб.
В 1890 году Московский «Аквариум» получает новое здание. Однако, из-за отсутствия должного фундамента через 5 лет оно пришло в полную негодность.
В 1891 году прошла 3-я акклиматизационная выставка, на которой аквариумистом-любителем из Киева Н.А. Деппом были представлены рыба-ползун анабас и двоякодышащая рыба протоптерус, полученные им в подарок от английского любителя капитана Випана. А также впервые выставлен для обозрения комнатный морской аквариум Е.Е.Вебера.
В 1897 году с переездом Севастопольской биологической станции в специально построенное для неё здание, при ней был открыт первый морской публичный аквариум: 12-й в мире (включая пресноводные) и 11-й в Европе, но первый и единственный в Российской империи. Аквариум находится в цокольном этаже здания Севастопольской биологической станции и успешно работает до сих пор.
Основателем Севастопольского морского аквариума и биостанции является академик А. О. Ковалевский. Впоследствии Станцией поставляются во многие аквариумы России представители черноморской фауны: актинии, креветки, крабы, раки-отшельники, морские коньки, иглы, устрицы, мидии и др.
В 1898 году на 8-й акклиматизационной выставке помимо коллекции индокитайских рыб В. М. Десницкого, привезенных из Малайзии, были представлены новые виды рыб: барбусы, купанус Дайя, или полиаканты; и совершенно новый вид гурами жемчужный. В том же году на Красной Пресне А. И. Гамбургер открыл первую в России крупную коммерческую разводню аквариумных рыб.
